Estudió Medicina y Antropología en las universidades de Múnich, Viena y Bonn.
En 1933, Karl Mengele, nazi acérrimo, ofreció su taller industrial a Adolf Hitler para que éste pronunciara un discurso en Günzburg; por estos servicios, Karl Mengele recibió amplias facilidades económicas para hacer crecer su negocio.
Dos años después, en Múnich, Josef Mengele se doctoró en Antropología en 1935 con una tesis doctoral sobre las diferencias raciales en la estructura de la mandíbula inferior, bajo la supervisión del profesor Theodor Mollison. A continuación viajó a Fráncfort del Meno, donde trabajó como ayudante de Otmar von Verschuer en el Instituto de Biología Hereditaria e Higiene Racial de la Universidad de Fráncfort. En 1938 se doctoró en medicina con una tesis doctoral titulada Estudios de la fisura labial-mandibular-palatina en ciertas tribus.
Josef Mengele, a partir de las convicciones de Otmar von Verschuer, se convirtió en un antisemita acérrimo, convencido plenamente de la superioridad de la raza aria y que prodigaba un absoluto desprecio por el judío.
La incumbencia de Mengele como médico estaba orientada al estudio genético-racial más que a la medicina curativa.
Josef Mengele pertenecía a las juventudes hitlerianas cuando se incorporó a las SA en el momento que éstas estaban a punto de desaparecer como grupo armado, por lo que tuvo que renunciar. Luego intentó incorporarse a las SS; inicialmente no tuvo un éxito, aunque lo consiguió tres años después.
Se casó en 1938 con Irene Schönbein, una hermosa y educada dama de religión luterana -a pesar de que Mengele era católico romano- y tuvo un hijo llamado Rolf Mengele.
En 1932, a la edad de 21 años, Mengele se afilió a Casco de Acero, Liga de los soldados de vanguardia (Stahlhelm, Bund der Frontsoldaten), asociación nazi que se incorporó a la Sturmabteilung (SA) en 1933 y que Mengele abandonó poco después alegando problemas de salud. Se afilió al partido nazi en 1937 y en 1938 entró en la Schutzstaffel (SS). Entre 1938 y 1939 sirvió durante seis meses en un regimiento de infantería ligera de tropas de montaña. En 1940 fue destinado a la reserva del cuerpo de médicos, comenzando un período de tres años en el que serviría en una unidad Waffen SS, la 5ª División Panzergrenadier SS Wiking. En 1942, en Rostov, resultó herido en una pierna en el frente ruso y fue declarado no apto para el combate. Gracias a su comportamiento brillante frente al enemigo en el frente oriental fue ascendido al rango de SS Hauptsturmführer (Capitán). Fue re-asignado entonces como Lagerarzt, médico de campo de concentración.
Evasión
23 días atrás Mengele se había parado en la rampa de selección y había enviado su última selección a las cámaras. Para él la orden no lo extrañó, pues suponía que Alemania perdería la guerra.
Mengele abandonó el campo el 17 de enero de 1945, durante la evacuación del campo, diez días antes de la liberación del campo por parte del Ejército Rojo. Se dirigió al campo de concentración de Gross-Rosen, pero este campo fue cerrado en agosto de 1944 y en abril de 1945 huyó hacia el oeste camuflado como un miembro de la infantería regular alemana con identidad falsa, pero fue capturado.
Fue prisionero de guerra, cerca de Núremberg hasta que resultó liberado por los aliados, que desconocían su identidad.
Durante los juicios de Núremberg no se mencionó a Josef Mengele como genocida.
Mengele vivió en Paraguay en forma muy modesta como inquilino de la familia Auler. La empresa Mengele, en Alemania, costeó su manutención hasta 1960; sin embargo, debido a ciertos líos de faldas, problemas de carácter y, principalmente, a la persecución de Klaus Barbie, los miedos alimentaron la paranoia persecutoria de Mengele (no sin razón, pues le buscaban), y se trasladó a Brasil para vivir bajo el alero de otra familia de origen alemán, también subvencionada por la compañía Mengele, bajo el nombre de Pedro Gerhard. Luego se independizó y se trasladó a una favela, donde vivió en una modestísima cabaña.
Cuando alguna persona muy cercana le interrogaba sobre su infausto pasado, solía responder que se limitaba a seleccionar sólo a personas aptas para el trabajo y que no mató a nadie.
En 1979, su estado de salud estaba en franco deterioro y la familia alemana que le asistía lo invitó a refrescarse en una playa de pendiente muy suave, Bertioga, y Mengele accedió. Cuando algunos miembros se introdujeron en la playa, Mengele los siguió hasta alcanzar una distancia adentro del mar de unos 100 metros y de escasa profundidad y, entonces, por motivos confusos y extraños, se ahogó, a pesar de que uno de los amigos llegó pronto a darle auxilio. En cuanto a las causas de la muerte, se especuló que pudieron ser desde calambres, ataque cardíaco, mareos, hasta muerte provocada. La versión oficial es que "se golpeó con un madero mientras nadaba en una playa llamada Bertioga y se ahogó". Lo que causa extrañeza es que Mengele no sabía nadar.
Fue enterrado en un cementerio en Embu con un nombre falso, Wolfgang Gerdhard, con la asistencia de su hijo Rolf. Ningún miembro más directo de su familia asistió.
En 1985, seis años después, sus restos fueron exhumados e identificados en medio de la presión mediática por parte de Israel y los Estados Unidos, Wiesenthal y otros grupos antinazis. La identificación de los restos, si bien no fue concluyente en un cien por ciento, resultó satisfactoria para quienes lo buscaban. Un defecto dental (diastema) que poseía Mengele en sus dientes superiores frontales fue comprobado, además de coincidir en edad y estatura.
En 1992, los análisis de ADN confirmaron finalmente su identidad.
